デカルトの「省察」の語り手は、彼のそれまでの意見がどれ一つとして安全ではないと結論する。そのような霊は彼の知覚を欺くばかりでなく、彼に単純極まりない論理的思考さえも誤らせることが可能なのだ。

　この根本的な不安は避けがたいもののように思える。あなたは一体どうやって、自分がデカルトの描く悪夢のような状況下にないことを自分自身に証明できるのか？　あなたが提示するいかなる議論も証拠も証明も、悪しき霊の企てた新たな策略かも知れないのだ。最初こそ滑稽に聞こえるかも知れないこの悪霊のアイディアだが、熟考を重ねた上でデカルトの不安に共感しないのは難しい -- 何を知っているつもりでも、あなたはそのような邪悪な知性の玩具に過ぎぬかも知れないのだ。もっと我々の総括論議の核心に即して言うなら -- 何を知っているつもりでも、あなたはマトリックスに捕われているかも知れないのだ。

　現代の多くの哲学者たちは、『マトリックス』で描かれる筋書きにもう少し近い同種の懐疑的ジレンマを論じている。その“桶の中の脳”仮説として知られるようになった見解の一つの有力な論述を提供しているのが、哲学者ジョナサン・ダンシーである：

自分が現実世界にいるのか、コンピュータ・シミュレーションの世界にいるのか分からないとなれば、あなたは自分が世界に関して信じている事柄を真実だと確信することができない。加えてデカルトが更に恐ろしいと考えたのが、この筋書きにおいては論理的思考力が感覚の伝達同様に不確かなものに思えることである。悪霊なり悪の科学者なりが、あなたの論理的思考をあなたの知覚と同じく不完全なものにしているかも知れないのだ。

すでにお察しのことと思うが、この哲学的問題を簡単に脱する方法は -- 少なくとも哲学的方法（！）は -- 存在しない。哲学者たちはこの手の懐疑主義に対して、目が回るほど様々な“解決法”を提唱してきた。だが多くの哲学的問題がそうであるように、この難題に満場一致の答えなどありはしないのである。

　自らの悪霊懐疑主義を脱するために、デカルトはまず人が自己の存在を本気で疑うことは不可能だと論じた。彼は、あらゆる思考には思考者の存在が前提であることを指摘する -- それが疑念なら、少なくとも疑いを抱く自己が存在しなければならないのだ（これこそがデカルトの「我思う、故に我在り」である）。続いてデカルトは、我々の精神には生来の自己観念に加えて、全能かつ至上善かつ無限存在としての神の観念が植え付けられていること、そしてその観念は神のみから生まれることを主張した。したがって至上善たる神の存在は明らかであり、その神が、我々が自分の知覚やその現実との関わりに欺かれることを許すはずがない -- とデカルトは確信するのだ。自己存在に関するデカルトの議論は、今なお大きな影響力を持って盛んに論じられるが、外界に関する懐疑のこの有神論的解決を支持する学者は、現在ではほとんど存在しない。

このような懐疑論的筋書きに対して、現在より興味深い批評の一つを展開するのが哲学者ヒラリー・パトナムである。パトナムの論点は知識に対する我々の通常の主張を擁護するというよりは、むしろ我々の言語がこの世界で対象物にどう言及するかという一定の仮定を前提として“桶の中の脳”仮説の整合性を問うことにある。パトナムは我々に標準的な“桶の中の脳”物語のバリエーションを考察することを求めるが、これは『マトリックス』で描かれる状況に無気味なほど酷似している：

パトナムの答えは、我々が自分たちを桶の中の脳だと整合的に考えることは不可能であるから、このような懐疑論が本当の勢いを得ることは決してない、という思いがけないものである。パトナムの独創的な議論を要約で正しく評価するのは困難だが、その趣意はおおよそ以下の通りである：

我々の頭の中を通り過ぎるものが全て本物の思考というわけではなく、我々が話すことのほとんどは意義深さとは無縁である。ときに我々は頭が混乱したり、つじつまの合わないことを考えたりする。ときには明らかに無意味なことを話したりもする。そして勿論、我々が常にその時点で自分の意味不明ぶりを理解するとは限らない -- 場合によっては、自分が重要なことを話している（あるいは考えている）と本気で信じるのだ。哲学者ウィリアム・ジェームズが亜酸化窒素のガスでハイになったとき、彼は自分が現実の本質に関して奥深い洞察を得つつあることを確信したという。自分の考えを意義深くも重要なものと信じたのだ。酔いの醒めたジェームズが、ガスによる高揚の中でその思惟を書き綴ったノートを見ると、そこには意味不明のなぐり書きがあるばかりだった。

　ちょうど私が意味のないセンテンスを話すこともあるように、私は世界と結びつくのに失敗するという点で、意味のない名称ないし一般名辞を使うこともあるかも知れない。哲学者たちはそのような言葉を対象への“言及の失敗”と呼ぶ。我々が言語を使う際に成功裡に言及するためには、発言者と言及対象との間に適切な関係がなくてはならないのだ。もし海辺で遊んでいる一匹の犬が、砂の上に棒切れで“エド”という単語を書いたとしても、その犬が実際にエドなる人物に言及するつもりだと主張する人間はまずいないだろう。おそらくその犬はエドという名の人間など知らないし、例え知っていたとしても、その名前を砂の上に書こうと意図する能力は持っていないだろう。この例証の眼目は、言葉というものが対象に“魔法のように”あるいは内在的に言及したりはしないということである。つまり所定の書き言葉ないし話し言葉が何らかの意味を持ち、それが実際に何かに言及しているのだと我々が認めるためには、この世界における一定の条件が満たされなければならないのである。

　パトナムは成功する言及に不可欠な一つの条件は、言及される対象と言及する発言者との間に適切な因果的結合（causal connection）があることだと主張する。何を“適切”と特定するかは、周知の如く困難な作業である。だが我々は不適切な結合によって言及が失敗する事例を考えることで、必要とされるものにある程度の見当をつけることができる。仮に映画『マトリックス』をよく知らない誰かが、くしゃみをしながら“ネオ”と口走ったとしても、この人物がネオのキャラクターに言及していると考える人間はほとんどいないだろう。発言者と言及対象（ネオ）との因果的結合が、まさにところを得ていないからだ。言及が成功するためには、その名前が口に出されたことが単なる偶然であってはならないのである（これに関するもう一つの考え方：くしゃみの人物は、映画『マトリックス』が作られていなかったとしても“ネオ”と口走っていたであろう）。

　パトナムによれば、桶の中の脳の物語が真実だと整合的に想定することが難しいのは、そのような環境下で培養された頭脳には、本物の脳や桶、そして現実世界のいかなるものにも成功裡に言及する能力がないからである。全ての人生をマトリックスの中で生きてきた人々の例を考えてみよう。彼らが“チキン”の話をするとき、彼らは本物のチキンに言及するわけではない -- せいぜいがコンピュータから脳に伝達されるチキンの描写に言及するだけである。同様にマトリックスからデータを食まされる容器の中の人体について話すとき、彼らが本当の肉体や容器に成功裡に言及することはない。そうした対象との適切な因果的結合を持てない彼らには、現実世界の生身の身体に言及することは不可能なのだ。したがって、もし誰かが“私はどこかの容器の中でコンピュータに知覚情報を食まされている肉体に過ぎない”というセンテンスを口にしたなら、そのセンテンス自体が必然的に誤りだということになる。もしその人物が実際にはマトリックスに捕われていないとすれば、そのセンテンスは紛れもなく誤りである。もしマトリックスに捕われているとすれば、彼が“人体”と口にしても本当の人体に成功裡に言及することはできないので、彼の発言もまた誤りには違いないだろう。だからそのような人物は二重に捕われているようなものだ -- 自分がマトリックスの中にいることを知る術を持たず、また自分がマトリックスの中にいるかも知れないという思惟を成功裡に表現することさえできないのである！（モーフィアスがある時点でネオに“誰もマトリックスとは何かを告げられ得ない”と語る理由はこれだろうか？）

パトナムの議論については意見の分かれるところだが、『マトリックス』で描かれる状況が知識と懐疑に関して予想される哲学的論点のみならず、意味論や言語、そして精神と世界との関係に関するより一般的な論点をも提起することを示す点で注目に値する。